Dresden 2009 – wissenschaftliches Programm

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BP: Fachverband Biologische Physik

BP 7: Poster I

BP 7.29: Poster

Montag, 23. März 2009, 17:45–20:00, P3

Langevin-Dynamik-Simulation von Peptiden — Uwe Winter und •Tihamér Geyer — Zentrum für Bioinformatik, Universität des Saarlandes, Saarbrücken

Zwischen den Zeit- und Längenskalen, die jeweils mit Molekulardynamik (MD) und Brownscher Dynamik (BD) beschreibbar sind, klafft eine Lücke von etwa zwei Größenordnungen, in denen MD-Simulationen zu aufwändig sind und bei BD-Simulationen die nötige Auflösung nicht erreicht wird. Wir zeigen, wie durch eine explizite Berücksichtigung des Impulses der Gültigkeitsbereich der BD zu kleineren Zeitschritten hin erweitert werden kann und damit realistische ,,Langevin"-Simulationen kleiner flexibler ,,bead-spring"-Peptide möglich werden. Für eine korrekte und stabile Dynamik darf dabei die viskose hydrodynamische Dämpfung durch den Solvens nicht vernachlässigt werden. Wir vergleichen am Beispiel eines kurzen Peptids von 11 Aminosäuren, welches gegen eine MD-Trajektorie parametrisiert wurde, die jeweiligen Schwierigkeiten und Vorteile von BD- und Langevin-Beschreibung.